Der Vorstand führt die Geschäftsstelle. Er legt im Rahmen der Mehrjahresplanung und in enger Zusammenarbeit mit den Akademien der Wissenschaften Schweiz die Strategie fest, welche die Geschäftsstelle auf operativer Ebene umsetzt. Der Vorstand pflegt den Kontakt zu allen Mitgliedern und greift auf ihre Expertise bzw. auf ihr Netzwerk zurück für die Erreichung strategischer Ziele, z. B. bei der internationalen Zusammenarbeit. Der Vorstand unterstützt auch die Mitgliedsgesellschaften – beispielsweise im Rahmen der Fachförderung – und fördert damit interdisziplinäre Aktivitäten. Der Vorstand wird vom Industrie-Beirat in strategischen und industriepolitischen Belangen und vom Wissenschaftlichen Beirat in strategischen und wissenschaftspolitischen Belangen beraten.