Le Comité dirige le Secrétariat. Dans le cadre de la programmation pluriannuelle et en étroite collaboration avec les Académies suisses des sciences, le Comité définit les grandes orientations stratégiques que le Secrétariat se charge de mettre en œuvre au niveau opérationnel. Ce dernier entretient des relations avec tous les Membres et a recours à leur expertise ou leur réseau dans le but de parvenir à des objectifs stratégiques, notamment sur le plan de la coopération internationale. Le Comité supporte également les Sociétés membres, par exemple dans le contexte des subsides, encourageant ainsi le travail interdisciplinaire. Le Conseil industriel adresse des recommendations au Comité sur des questions liées à la stratégie et à la politique industrielle, tandis que le Conseil scientifique émet des avis sur l'orientation stratégique en matière de politique scientifique.